Le partenariat du MuCEM peut se déterminer en fonction de quatre facteurs : partenariats géographiques, partenariats institutionnels permanents, partenariats thématiques sur des évènements d’actualité ponctuels grand public, partenariats scientifiques de long terme.
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Le projet Anthroponet a pour but la réalisation d'une plate-forme collaborative de valorisation en direction du grand public de la recherche en sciences sociales.
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Le Réseau « Patrimoine du vivant et écologie » associe tous les acteurs culturels et muséaux qui souhaitent proposer des projets (expositions, documentaires, conférences…) questionnant ces problèmes aujourd’hui centraux que sont l’écologie et le développement durable.
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La Fédération des Musées d’Agriculture et du Patrimoine rural (AFMA) et le Musée des Civilisations de l’Europe et de la Méditerranée (MuCEM) se sont associés pour être les partenaires français du programme européen « Cult Rural » qui s’échelonne de 2007 à 2009.
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